5123导航于2005年3月获科技部批准正式建设, 是国内海洋学界首批获准建设的国家重点实验室之一。实验室瞄准与全球变化有关的重大科学问题，直面国家对海洋环境保护和生态安全的重大需求，以多学科交叉为基础、技术创新为动力、中国南部海域为典型研究区域，主攻海洋生物地球化学过程及其与海洋生态系统相互作用，深入研究在自然变化和人类活动影响下的海洋生态系统的响应和反馈，为我国海洋环境和生态保护提供科学基础和科技支撑。